COVID-19 experiencia 2021 en el laboratorio de Biología Molecular

Abstract

Las técnicas moleculares para la detección de genoma viral se consideran de referencia en el diagnóstico de la infección por SARSCoV-2. El laboratorio de Biología molecular del HEC cuenta con RTqPCR y amplificación isotérmica(AI) para procesar muestras del hospital y centros de la Red: municipios de Fcio.Varela/Berazategui/Alte. Brown/Quilmes. Objetivo: Describir la experiencia en el diagnóstico de SARSCoV-2 en el Área de Biología Molecular del Laboratorio del HEC durante 2021. Se analizaron 15585 muestras respiratorias desde el 01/01-25/09 de 2021 correspondientes a las semanas epidemiológicas(SE) 1-38 para la detección molecular de SARSCoV-2. De estas el 36.8%(5728) pertenecieron al HEC y 63.2%(9947) a la Red. Las técnicas moleculares utilizadas fueron RTqPCR(14985) y AI(690). La primera amplifica las regiones del virus: E/N/RDRp en dos termocicladores COBAS-Z480-ROCHE. La segunda no requiere extracción de ARN y tiene como gen diana RDRp. Los resultados fueron cargados en el sistema de laboratorio y ​en el Sistema Integrado de Información Sanitario Argentino(SISA). A partir de la SE22 se incorporó la carga automática a este último. Se detectaron 3101 positivas y 12484 negativas, tasa de positividad(TP) de 19.9% siendo el periodo de mayor TP entre las SE12-22, máximo en SE20(56%). En el HEC de SE13-20 con mayor TP, promedio 18.9% y máximo SE17(28%). El número de muestras analizadas(N) se dividió en 3 periodos:a)SE1-14, promedio 489 y máximo 759 SE2; b)SE15-25 promedio 255 c)SE26-38 promedio 411. El N del Hec mantuvo un promedio de 144 semanales con máximos en SE14(184) y 36(177). Desde SE13 se observa la fuerte disminución del N, mientras que a partir de SE26 aumento en el mismo. El descenso en las muestras analizadas a partir de SE13 se asocia a la incorporación del test de ag como herramienta de dx confirmatoria por el Ministerio de Salud y un aumento desde SE26 que corresponde a la incorporación de más centros derivantes, debido al cierre del centro de diagnóstico del CEMET. El aumento de la positividad en SE20 fue acorde con la reportada a nivel nacional. El descenso continuo de más de 13SE puede asociarse fundamentalmente, entre otras variables, a la masividad del plan de vacunación y coincide con el descenso de la circulación viral en el país. Desde el área creemos que el aporte tecnológico(equipos de extracción y carga automática en sisa) fue fundamental en la mejora de la capacidad de respuesta en el diagnóstico de Covid19.